Никольский монастырь (Никола Стары) был основан в XIV в. Древнейшие постройки монастыря до насточщего времени не сохранились (собор монастыря был разобран в 1935 г.), специальных археологических исследований на территории Николо-греческого монастыря не проводилось. 

Документальные данные позволяют утверждать о существовании Никольского монастыря в XVI в. В то время это был русский монастырь, который имел название «Никольский у большого Креста». В его соборной церкви приводили к крестному целованию. К 1630 г. помимо гласного престола, в монастырском храме был придел Гурия Самона и Авива. В 1644 г. был освящен придел св. Константина и Елены.

В 1648 г. монахи ивирского афонского монастыря привезли в Москву копию Ивирской Богоматери. Тогда по жалованнной грамоте Алексея Михайловича монахи получили разрешение приезжать в Москву через каждые четыре года. К 1654 г. роль Ивирского монастыря в деле подготовки церковной реформы Никона возросла в результате миссии на Афон Арсения Суханова и покупки им афонских рукописей. В 1654 г. Никольский монастырь был передан грекам и заселен монахами с Ивирона. К 1661 г. западная граница владений монастыря была расширена за счет участка Заиконоспасского монастыря, где были выстроены каменные кельи. Для хозяйственных нужд использовались так называемые печюры в стене Китай-города по северной границе монастыря: всего их было 14, из них три использовались в качестве жилых помещений для монахов, одна служила пекарней, 5 печюр служили конюшнями (две монастырские, три – греческих купцов), 4 печюры были пустыми, а одна служила в качестве отхожего места. Власти пытались бороться с нарушениями норм санитарии и правил безопасности, но не всегда успешно.

Пожалование Никольского монастыря ивиритам не было оформлено юридически. В 1669 г. архимандрит Дионисий, который жил в Москве уже 14 лет и был справщиком Печатного двора, обратился с челобитной к царю Алексею Михайловичу выдать жалованную грамоту на владение Никольским монастырем. Жалованная грамота была выдана 3 мая 1669 г.

Ивирские архимандриты называли Никольский монастырь подворьем и рассматривали его как владение и московское представительство Ивирского афонского монастыря. Греки рассматривали монастырь как свою собственность. В России же вся недвижимость в конечном счете считалась царской, поэтому монастырь называли «где стоят греки». Посольский приказ отправлял в него приезжавших в столицу греческих и других восточно-христианских иерархов, чему сопротивлялись монастырские власти. Также в монастыре регулярно проживали приезжавшие в Москву греческие купцы. Монастырские каменные постройки были удобны для хранения товара. При монастыре имелись три лавки, где греки могли осуществлять свою торговлю. Сдача в аренду монастырских построек приносила Ивирскому монастырю определенный доход. 

С одной стороны, это был полноценный монастырь, где в соответствии с царским указом проживали архимандрит и 12 старцев и церковнослужителей, причем их число оставалось постоянным, а состав менялся. Насельники получали денежное и кормовое жалованье в размере 2 алтына и 2 деньги, 2 кружки меда и 2 кружки пива архимандиту, по 8 денег, по кружке меда и 2 кружки пива – остальным насельникам. На год выдавались рожь и овес, каждый месяц из дома патриарха по 4 белуги и по пуду икры. Также каждому новому приезжающему архимандриту и монахам выдавались деньги и ткани. При отъезде обратно на Афон каждому выдавалось значительная милостыня для монастыря. С 1671 г. выплаты милостыни прекратились. С 1717 г. прекратились выплаты за приезд.

В XVIII в. монастырь имел двойное подчинение – Коллегии иностранных дел и Московской Синодальной канцелярии. Каждый вновь приезжающий архимандрит должен был просить разрешения на проведение богослужения на греческом языке, что означало, что первоначально полученное в XVII в. разрешение было к тому времени уже утрачено. В 1718 г. старый Никольский храм XVI в. был разобран, началось строительство нового каменного собора. Заказчиком выступал граф Фома Матвеевич Кантакузин. Строительство затянулось до середины 1730-х гг. Только в 1736 г. был освящен верхний храм во имя Успения Богородицы, выстроенный на деньги сына молдавского господаря князя Дмитрия Кантемира Матвеем Дмитриевичем. В 1737 г. случился пожар, во время которого собор частично пострадал: сгорели кровля и окна, было повреждено большое паникадило. Надвратная цервось св. Константины и Елены была повреждена в большей степени, и ее приспособили под кельи. 

Положение монастыря изменилось в 1739 г. Монахам выплачивались деньги в размере 500 рублей в год, чтобы «впредь никому из бельцов, как грекам, так и русским, не жить». Вследствии этого греческие купцы практически перестали приезжать, что подорвало доходы монастыря. В 1741 г. архимандрит Вениамин обратился с челобитной об оставлении лавок, на что было получено высочайшее разрешение об использовании доходов от сдачи лавок в аренду на церковное строение. 

Никольский монастырь был местом многочисленных захоронений. В XVIII в. в нем располагался фамильный склеп молдавских господарей князей Кантемиров. В 1935 г. перед сносом собора они были переданы правительству Румынии и перевезены в Яссы.